1900-ban egy bizonyos Franz John leült a Gisela étteremben, és megalapította az FC Bayern Münchent. Az első lépések a német foci megteremtéséért tehát elég korán elkezdődtek. Franz John a semmiből építette fel a Bayernt. Biztos volt benne, hogy csapatából előbb utóbb bajnok lesz, mégis elég sokat kockáztatott, amikor a foci még viszonylag népszerűtlen időszakában megalapította a klubot. A célok már ekkor nyilvánvalóak voltak: Európa Kupa, a Német Bajnokság és a Világkupa. Aztán majdnem száz évet kellett várni, mire újra megérkezett az a Franz, aki mentalitásában és hozzáállásában ez előbbi edzőnket és elnökünket követi.
De a múltnál maradva: az első csapat 18 főt számlált, és a hivatalos alapításra 1900. februárjában került sor. Az alapcsapat csak néhány taggal bővült 1907-re, amikor a pirosak átvehették első igazi sportotthonukat, a Bayern Csarnokot a Leopoldstrassén. Ez volt a müncheni foci első lépcsőfoka a sikerhez. 1910-re a Bayern lett a keleti csoport győztese. A szerelés - mint a régi fociruhák általában - mai szemmel igen humorosra sikeredtek. Az akkori rövid, ám bő nadrágok és nadrágtartók szembetűnők és kényelmetlenek voltak. Mindenesetre ezekben az években játszott az első igazán tehetséges focista a Bayern soraiban: Max "Gaberl" Glabonsky.

1920-ra közel 700 tagja lett az FC Bayernnek, és ezzel a város legnagyobb focicsapatává vált - ahogyan még ma is az. 1926-ban volt először esélyesük a nemzeti bajnoki címre, amikor is a Frankfurtot verték meg 2:1-re, hála a remek csapatmunkának. Ezt követően nagy megtiszteltetés érte a Münchent: 1936-ban három tagját - Simetsreitert, Goldbrunnert és Mollt - behívták az olimpiai válogatottba. Ezek után tört ki a második világháború, aminek következtében a futball ütőere egy kissé lassabban vert.

A háborút az újjáéledés évei követték. Kilenc évig tartott, mire ismét megteltek a lelátók, s a nemzetközi futball-életbe is bekapcsolódott az ország: a német válogatott Svájc ellen játszott a VB-n. Sepp Herberger csapata akkor nyerte élete első VB-címét - épp az Aranycsapat ellen diadalmaskodtak 3:2-re. Aztán jött 1957, és a pirosak megnyerték az első német bajnoki címet. Ám ezt a sikert kellemetlen kényszerpihenő követte: 1962-ben az akkor Wilhelm Neudecker által irányított Bayern nem vehetett részt a Bundesliga mérkőzésein.
Ez azonban csak két évig tartott, ezek után az FC Bayern elérte a német foci csúcsát. A siker kovácsa az 1998-ban elhunyt edző, Tschik Csajkovszkij volt. Neki köszönhető, hogy a jelenlegi fontos Franz bekerült hátvédnek. A kapus Sepp Maier lett, góllövőnek pedig egy erős fiatalembert, bizonyos Gerd Müllert jelölt ki. Sikeresen haladtak az első Bundesliga szezonban, 1965/66-ban egészen a harmadik helyig jutottak. Beckenbauer és Maier jutalomként eljutottak az angliai világbajnoki döntőig. Egy évvel később, 1967-ben nyerték el először az Európa Kupát, 4:0-ra verve a Hamburgot. Ekkor Franz Roth volt a gólvágó, akit ezért mai napig Mr. Európa Kupának hívnak.

1968-ban egy kicsit szétesett a Bayern. Branco Zebec lecserélte Csajkovskijt, és a Bayernt árverésre bocsátotta. Ez elsősorban a csapatot érintette kellemetlenül, de a rajongók táborát is meglehetősen elkeserítette. Ezt az időszakot újabb felívelés követte: a bajnokságban nyolc pontot vertek az Alemannia Aachenre. Mindeközben felnőtt egy új csapat, mely a Bayernnek sok fejtörést okozott: a Borussia Mönchengladbach. Ez a csikócsapat volt az, amely elhalászta a bajnoki címet 1970-ben és 1971-ben is a Bayern orra elől.

1972-ben a müncheniek újra feltörekvőben voltak új olimpiai stadionjukkal és edzőjükkel, Udo Lattekkel. Elképesztő volt Gerd Müller gólerőssége, aki a mai napig tartja 40 gólos bajnoki rekordját. Latteknek valóban sikerült egy kicsit helyrepofoznia a csapatot. Tevékenysége alatt még két bajnokságon vettek részt, természetesen az egyik az Európa Kupa volt, amit meg is nyertek 1974-ben. Az Atletico Madrid ellen játszottak, s 1:1-es eredmény után megismételt mérkőzésen Brüsszelben a német csapat 4:0-ra nyert Uli Hoeness és Gerd Müller góljaival.
Ugyanebben az évben megnyerték a német nemzeti bajnokságot, és a Bayern sztárjaival - Maier, Beckenbauer, Schwarzenbeck, Breitner, Hoeness és Müller - felálló válogatott világbajnoki címet szerzett a hollandok ellen. A végeredmény 2:1, Breitner tizenegyessel segítette hozzá a csapatot a győzelemhez, Müller pedig ekkor lőtte felejthetetlen csavart gólját.

1975-ben Párizsban 2:0-ra verték a Leeds-et Roth és Müller góljaival, majd 1976-ban 1:0-s eredménnyel távoztak Glasgow-ból legyőzve a St. Etienne-t. Mindkét meccsre Dettmar Cramer készítette fel a csapatot. Ezután 1976-ban a világbajnoki cím mellé az Európa-bajnoki trófeát is megszerezte a német válogatott.

A következő évek változásokat hoztak, elérkeztek az eredménytelenség évei. 1977-ben elbúcsúzott a csapattól Franz Beckenbauer, és átpártolt a profi ligába, New Yorkba. Egy év sem telt el, és Gerd Müller is követte őt. 1979-ben, 27 évesen Uli Hoeness átvette a csapat menedzserének szerepét. Csernai Pál érkezett edzőként Lóránt Gyula helyett, valamint az igazgatói poszton is változás történt: Neudecker ment, helyette Willi O. Hoffmann érkezett.
Ezek az embermozgások azonban jobb időket hoztak a Bayernnek. Két fiatalember, Paul Breitner és Kalr-Heinz Rummenigge - együtt csak FC Breitnigge néven emlegették őket - 1980-ban megszerezte a Bayernnek azt bajnoki címet, amit hat éve képtelen volt elérni.

1982-ben következett az a legendás kupagyőzelem, amit az első helyezett FC Nürnberg ellen játszottak. Az állás 0:2 volt a Nürnberg javára, és ebből a helyzetből fordított a Bayern, s a végeredmény 4:2 lett. Dieter Hoeness vérző fejjel játszotta végig az utolsó perceket. Nem minden papsajt, ezért szót kell ejteni a vereségekről is: az Aston Villától kikaptak az Európa-kupa döntőjében, valamint a VB-n az olaszok bántak el a német csapattal. Azonban Breitner ismét eredményesen szerepelt, és beírta magát a foci történelemkönyvébe, ő az egyetlen olyan német játékos, aki két VB-döntőben is gólt lőtt.

1965 és 1981 között a Bayern soraiból tizenegyszer került ki az év focistája - Beckenbauer négyszer, Maier háromszor, Müller kétszer, Rummenigge és Breitner egyszer-egyszer. 1983-ban Lattek visszatért a Bayernhez. Ennél izgalmasabb azonban, hogy egy popbanda elkezdte népszerűsíteni Karl Rummenigge szexi térdeit - ezzel soha nem látott jegyeladást értek el a következő szezon vonatkozó meccsein.

A következő évben ismét két ifjú titán hozta meg a bajnoki címet a Bayernnek, Sören Lerby és Wiggerl Kögl személyében. A klubvezető ekkor Dr. Fritz Scherer volt. Azonban az elszomorító - de legendás - Bajnokok Ligája mérkőzésen, Bécsben az FC Porto elleni 2:1-es vereség - és Madjer felejthetetlen sarkalásos gólja - igen mély nyomot hagyott a csapat lelkében. 1988-ben érkezett Jupp Heynckes, akinek feladata Matthaeus, Brehme, Eder, Hughes, Michael Rummenigge és Pfaff távozása után az volt, hogy új és harcra kész csapatot állítson fel. Heynckes eredményesnek mondható volt, hiszen 1989-ben és 1990-ben elhozta a német bajnoki címet, ám az igazi cél, az Európa Kupa még váratott magára. Azért 1990-ben Németország ismét VB-győztes lett Augenthaler, Reuter, Thon, Kohler és Pflügler, valamint Aumann Bayern-játékosok asszisztálásával.

A 1991/92-es szezonban kénytelenek voltak Heynckesnek is búcsút inteni, de visszatért az egykori nagy Bayern-profi, Sören Lerby, hogy betöltse az üresedést. A csapat mégsem állt lábra. Bizonytalan időre Erich Ribbeck vette át Lerby helyét. Ez alatt az idő alatt Franz Beckenbauer és Karl-Heinz Rummenigge is vigyázban állva várták a riasztást, ha a csapatnak bármilyen téren szüksége lett volna rájuk.Ők később az FC Bayern elnökségi posztját is betöltötték. Az 1993/94-es szezonban ismét elhozták a bajnoki címet. Ezt követte az Trap-korszak, ugyanis Giovanni Trapattoni hozzájuk is betette a lábát. Nem csak a játékosok, de média is nagyon szerette az eleven olaszt, a remélt sikert mégsem érte el a csapattal.
Őt Otto Rehagel és sztárjai követték: Klinsmann, Herzog és Sforza. Végszóra érkezett meg a Bayern jelenlegi elnöke, Franz Beckenbauer, aki már 1994 óta tölti be ezt a posztot.

Eljutottak ugyan a Bajnokok Ligája döntő, s a 89. percig vezettek is a Manchester United ellen - aztán két perc alatt két gól, és a mennyből pokol lett.
A nagy siker azóta is várat magára... Néhány napja újabb nagyesély kaptak a bizonyításra, ugyanis a BL elődöntőben idegenben legyőzték a Manchester Unitedot.